Agenda Prioritas 2 (AP-2) PWYP Indonesia adalah mendorong perbaikan tata kelola sektor mineral dan batubara di sepanjang rantai nilai dan pengambilan keputusan ekstraksi.

AP-2 ini meliputi aspek transparansi, partisipasi, akuntabilitas, inklusif dan adil gender dalam tata kelola di sektor pertambangan mineral dan batubara, khususnya pada aspek perizinan/kontrak, praktek pengawasan dan standar sosial-lingkungan operasi pertambangan, hilirisasi dan peningkatan nilai tambah, perpajakan dan penerimaan negara, reklamasi dan pasca-tambang, serta benefit sharing dan pengembangan ekonomi lokal dan tata kelola pertambangan di tingkat nasional dan daerah.